福建医科大学附属第二医院的原名是惠世医院，是英国教会医院，在1973年整建制划归福建医科大学，并且将名字更改为现在使用的名字，是福建省呼吸医学中心挂靠单位，医院分为两个院区，分别包括鲤城和东海，其中鲤城区的占地面积是24亩以上，东海院区的占地面积有322亩以上。

医院中的口腔科室经营规模是不小的，有多位水平比较高的口腔诊疗医生坐诊，其中包括多位主任医生、副主任医生，口腔科室是在50年代末创立的，除了可以进行口腔临床诊疗工作之外，还在不断接收福建医科大学、上海第二医科大学等医学院校的本科毕业生，综合的口腔诊疗实力是较为深厚的，配备了意大利EMS洁牙机、法国Trophy口腔牙片机等仪器。