温州医科大学附属第二医院的前身是温州医学院白求恩门诊部，1982年经过卫生部批准改建为温州医学院附属第二医院的，1988年又增挂了儿童医院的牌子，医院分为4个院区，分别是南浦、瑶溪、学院路、急诊，设置了52个临床科室，100多个专科门诊，开放的床位有2500张。

医院中的眼科是热门科室，是在1981年创立的，是医院比较早创立的科室，经过40多年的发展已经成为了医疗仪器齐全、医疗技术精湛的眼科，是比较早设立招收眼科学硕士和博士的科室，是卫生部以及浙江省住院医师制度化培训基地，科室在多年的经营期间已经为不少爱美者进行了近视眼矫正手术方面的操作，掌握的近视眼矫正技术是比较多元化的，进行手术操作的时候，也都是由擅长进行近视眼矫正手术的医生来进行的。